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Variants

Situation variants Hauts-de-France au 11/02/2021

(11/02/2021 – Source : ARS)

  • 988  signalements de cas probables
  • dont 217 confirmés (114 au séquençage, 103 au criblage) : 108 dans le 59, 3 dans le 02, 9 dans le 80, 3 dans le 60, 59 dans le 62

Mise en œuvre d’un tracing renforcé sur les cas possibles de variants, et adaptation du Système d’Information pour la traçabilité des variants.

Pour rappel, compte-tenu d’une transmissibilité accrue des variants le Haut Conseil de la Santé Publique a fait évoluer ses recommandations et Santé publique France a modifié la définition des contacts à risque. Les mesures de contact tracing qui en découlent doivent être renforcées dès le niveau 1, c’est-à-dire dès la consultation en médecine générale :

  • La notion de « contact à risque » doit être interprétée de manière large : en cas de doute dans l’évaluation du niveau de risque d’un contact, celui-ci doit être considéré comme « à risque » ;
  • La mention par le cas de l’absence de contact à risque doit faire l’objet d’une investigation renforcée ;
  • Le cas doit être invité à contacter ses contacts à risque pour les informer ;
  • La chaîne de contamination doit être investiguée de manière plus extensive : les personnes contact à risque devront alerter leurs propres personnes contact afin de pouvoir mobiliser et sensibiliser deux niveaux de transmission potentielle à la nécessité de prendre des mesures de précaution.
Stratégie de freinage de la propagation des variantes du SARS-COV-2 : Tester / Alerter / Protéger-Isoler

(08/02/2021 – Source : DGS)

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du SARS-COV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d’intérêt 20H/501Y.V2 (sud-africaine) et 20J/501Y.V3 (brésilienne)

Par un message du 07/02/2021, la Direction Générale de la Santé a communiqué sur la stratégie de freinage de la propagation des variantes du SARS-COV-2 et le renforcement spécifique prévu sur les variantes d’intérêt 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne ») dont la circulation est aujourd’hui minoritaire mais qui présentent un risque d’échappement immunitaire et vaccinal.

Vous pourrez retrouver l’ensemble des éléments de cette stratégie renforcée de lutte contre les variantes d’intérêt du SARS-CoV2 utiles à votre pratique dans une fiche disponible au lien suivant :
https://solidaritessante.gouv.fr/IMG/pdf/fiche-lbm_vdef1.pdf

1. TESTER – La stratégie de criblage des variantes d’intérêt est généralisée : 

Dispositions pour les trois variantes d’intérêt

  • Tout test, TAG ou PCR, donnant lieu à un résultat positif doit désormais obligatoirement faire l’objet d’une RT-PCR de criblage en seconde intention, réalisée dans un délai de 36H maximum, afin de déterminer s’il s’agit d’une contamination par une variante d’intérêt. Les laboratoires réalisant les tests de criblage doivent en transmettre les résultats aux laboratoires ayant réalisé le test de première intention, qui ont la responsabilité de signaler à la personne contaminée qu’il s’agit d’une contamination par une variante d’intérêt, et laquelle. Par ailleurs, cette information sera ensuite confirmée par le traceur de l’Assurance maladie en charge du contact-tracing.
  • Le dispositif de recherche des variantes d’intérêt est étendu aux tests antigéniques rapides. Ceux-ci doivent conserver toute leur place dans la stratégie de lutte contre l’épidémie, selon les indications actuellement en vigueur. Les tests antigéniques avec un résultat positif doivent désormais faire l’objet d’un second prélèvement, en vue d’une RT-PCR de criblage, afin de rechercher les mutations spécifiques des variantes d’intérêt. Lorsque ce second prélèvement peut être réalisé dans le même temps, celui-ci doit être privilégié, dans le cadre d’un conventionnement entre acteurs. Dans le cas contraire, le patient doit être adressé à un laboratoire de biologie médicale pour la réaliser ou bénéficier d’un prélèvement réalisé à domicile par un professionnel de santé.
  • La recommandation de renvoyer vers une RT-PCR les personnes de retour de voyage, ou en lien avec une personne ayant voyagé récemment, ou vivant dans une zone où une augmentation brusque de l’incidence est observée, se présentant pour la réalisation d’un test antigénique rapide, reste en vigueur.

2. ALERTER – la recherche de chaines de transmission supplémentaires autour des cas de variantes d’intérêt est renforcée :

Dispositions pour les trois variantes d’intérêt :

Les opérations de tracing et d’isolement continuent d’être déclenchées dès la réception du résultat du test, PCR ou TAG, de première intention sans attendre les résultats de la RT-PCR de criblage. Les dispositions de renforcement lors d’une contamination par variante décrites infra sont déclenchées lors de la réception du résultat de la RT-PCR de criblage, sans attendre une confirmation par un éventuel séquençage. La priorité demeure l’isolement sans délai des cas et le déclenchement rapide de leurs contacts.

Il convient de sensibiliser le patient porteur d’une variante d’intérêt au risque de contagiosité accrue et à l’importance d’un respect particulièrement strict de l’isolement et des gestes barrières.

Pour rappel, dans le cadre du tracing de niveau 2 et des investigations de niveau 3 autour de ces cas, il sera également demandé à l’ensemble des contacts à risque identifiés autour des porteurs de variantes d’intérêt de prévenir eux-mêmes (contact-warning) les personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur dernière exposition à risque avec le cas index (contacts de seconde génération).

Pour celles-ci les recommandations suivantes seront proposées :

  • Renforcer l’application des mesures barrières et notamment le port du masque grand public filtration supérieure à 90% ou du masque chirurgical en présence d’autres personnes ; 
  • Télétravailler dès lors que cela est possible ; 
  • Réduire volontairement ses contacts sociaux durant les 7 jours suivant (Note URPS Médecins : Il ne semble pas à ce jour prévu la prescription d’un arrêt de maladie dans ces circonstances) ; 
  • Réaliser un test diagnostic sans délai au 1ers symptômes. 

Les personnes contact reçoivent un SMS ou un mail les orientant sur le site de l’Assurance maladie qui leur est dédié (https://declare.ameli.fr/sms/) et qui intègre des consignes spécifiques.

Dispositions renforcées pour les variantes 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne ») :

Les contacts à risque des personnes porteuses d’une variante 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne ») doivent bénéficier d’un test PCR, à J0 (dès son identification), afin de démarrer sans délai les opérations de contact-tracing s’il est positif.

En cas de résultat positif, le criblage par une RT-PCR de seconde intention est réalisé. 

Une attention particulière devra être apportée, en cas de test négatif, à l’importance de bien respecter la période de quarantaine de 7 jours depuis le dernier contact à risque et sur la nécessité de réaliser un test RT-PCR à J7, à l’issue de cette période.

3. PROTEGER – Le suivi du respect de l’isolement des personnes porteuses d’une variante d’intérêt est intensifié : 

Dispositions pour les trois variantes d’intérêt :

La mise en œuvre d’un isolement précoce et bien respecté pour les personnes porteuses d’une variante d’intérêt est une priorité.

Pour rappel, les personnes (cas confirmé et personnes contact à risque) suspectées d’avoir fait l’objet d’une contamination par une variante et les personnes dont la contamination par une variante a été confirmée font l’objet d’un suivi renforcé (isolement/quarantaine) :

  • Les visites à domicile réalisées par des IDEL sont programmées et proposées systématiquement ; 
  • Lors de la prise de contact par la CPAM, les personnes concernées dont la situation personnelle laisse présager un fort risque de propagation (personnes vivant en famille, notamment avec des proches à risque, etc.) se voient systématiquement proposer une offre spécifique d’hébergement via les CTAI.

Dans les Hauts-de-France, vous avez aussi l’opportunité de proposer à vos patients porteurs d’un variant ou cas contact l’intervention d’une équipe de professionnels de santé libéraux de soutien à l’isolement : ces accompagnements, non médicaux, consistent en des séances d’accompagnement à domicile ou par téléphone sur un ensemble de thématiques (compréhension des mesures d’isolement, application des gestes barrières, organisation du foyer, gestion du stress face à l’isolement, etc.). Un compte rendu de chaque intervention sera communiqué au médecin traitant.
En pratique, pour adresser vos patients vers le dispositif :
Vous êtes en consultation avec un patient (covid + ou cas contact) pour lequel vous vous rendez compte qu’il ne va pas appliquer, ou partiellement, les mesures d’isolement, vous pouvez mobiliser le soutien d’une équipe mobile covid de ville par :

Dispositions renforcées pour les variantes 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne ») :

Pour les variantes d’intérêt 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne), la durée d’isolement est portée à 10 jours.

Du fait de la contagiosité accrue de ces deux variantes, un test de sortie d’isolement doit être systématiquement réalisé pour les personnes qui en sont porteuses

Après 10 jours pour les contaminations par une variante d’intérêt 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne), et en l’absence de fièvre depuis plus de 48h pour les patients zéro symptomatiques, la levée de l’isolement est désormais conditionnée pour les cas confirmés à l’obtention d’un résultat de test négatif. Si le test revient positif, l’isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat

Dans les cas de contamination confirmée par une de ces deux variantes, une deuxième visite infirmière sera programmée, notamment pour réaliser le test prévu pour autoriser la sortie de l’isolement.

Dispositions relatives à l’Éducation nationale :

Pour les variantes d’intérêt 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne), la fermeture de la classe est automatiquement prononcée, suite à une investigation de niveau 3 à la main de l’ARS, et l’ensemble des élèves – ainsi que le ou les professeurs testés et les cas contacts identifiés à J0 et J+7 par RT-PCR, si l’un des cas suivants est confirmé :

  • 1 enfant COVID+ contaminé par une des deux variantes d’intérêt ; 
  • 1 enfant cas-contact d’un parent ou membre de la fratrie contaminé par une des deux variantes d’intérêt.
Détection des variantes du Sars-cov2 et renforcement du contact tracing

(24/01/2021 – Source : DGS)

Par un DGS Urgent du 23/01/2021 sont précisées les modalités de déploiement des kits RT-PCR spécifiques des variantes disponibles dès aujourd’hui et de renforcement du dispositif de contact-tracing.

Des kits RT-PCR spécifiques des variantes sont utilisables à partir du samedi 23 janvier 2021 sur l’ensemble du territoire (la liste est intégrée sur la plateforme du MSS et sera mise à jour régulièrement https://covid-19.sante.gouv.fr/) pour réaliser des tests RT-PCR de criblage de variantes, sur la base d’un premier test RT-PCR positif. Cette deuxième RT-PCR avec kit spécifique de criblage de variantes suit les mêmes règles de facturation que la RT-PCR initiale.

Dès samedi 23 janvier 2021, une seconde RT-PCR de criblage est réalisée à l’ensemble des résultats positifs de RT-PCR. Cette RT-PCR de criblage est réalisée avec l’un des kits détectant une ou plusieurs variantes connues à ce jour et a minima la variante VOC 202012/01.

Cette stratégie de double analyse ne concerne pas les tests antigéniques.Toutefois, les personnes ayant été diagnostiquées positives à la suite d’un test antigénique et qui se situent dans une situation à risque (retour de voyage, clusters et zones d’augmentation forte et inexpliquée de l’incidence (uniquement sur quelques cas pour échantillonnage dans ces deux dernières situations)) doivent être invitées à réaliser un test RT-PCR.

Les laboratoires de biologie médicale doivent conserver les prélèvements ayant donné lieu à une RT-PCR afin de permettre la réalisation d’un second test de criblage aux variantes, et sont tenus d’envoyer sans délai aux plateformes réalisant ce deuxième test les prélèvements ayant donné lieu à un résultat de RT-PCR positif. Il est essentiel de saisir sans délai dans Si-DEP les résultats de cette deuxième RT-PCR selon le mode opératoire qui sera transmis. Des développements de l’outil SI-DEP ont été réalisés pour accueillir les résultats de cette deuxième RT-PCR.

S’agissant des séquençages, les prélèvements doivent être orientés de la manière suivante :

  • Les prélèvements réalisés sur des personnes de retour de l’étranger sont séquencés en priorité, uniquement s’ils n’ont pu faire l’objet d’un deuxième test RT-PCR réalisé avec un kit criblant les variantes, dans le réseau des laboratoires de biologie médicale disposant de la capacité de séquençage ou d’autres capacités de séquençage identifiées par les ARS et répondant au cahier des charges du CNR.
  • Les prélèvements issus des personnes contaminées en clusters ou dans des zones présentant une augmentation forte et inexpliquée du TI sont orientés vers les laboratoires liés au réseau CNR-ANRS. Dans ces situations, l’envoi de 5 à 6 prélèvements avec un Ct <28 est nécessaire et suffisant, accompagné des renseignements clinico-épidémiologiques utiles tel que recommandé par le CNR (bon de demande disponible sur son site : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/centres-nationaux-reference/cnr/virus-infections-respiratoires-dont-grippe) ; tout prélèvement non accompagné de ces renseignements ne sera pas techniqué.

Une attention particulière sera demandée :

  • Aux laboratoires qui séquencent quant au transfert de la séquence au laboratoire prescripteur, qui saisira ensuite la séquence dans la base de donnée GISAID ;
  • Aux laboratoires qui réalisent le test RT-PCR quant à l’inscription dans SI-DEP des résultats de séquençage qui leurs seront transmis par le laboratoire qui séquence.

Les kit Thermo Fisher pourront continuer d’être utilisées pour le diagnostic de première intention d’infection par le SARS-CoV2.

Dans tous les cas, le résultat du test de première intention doit déclencher les mesures de gestion individuelles sans retard.

Il est impératif de ne pas attendre les résultats du test de criblage aux variantes pour lancer le processus de contact-tracing et d’isolement.

Compte-tenu d’une transmissibilité accrue des variantes le Haut Conseil de la Santé Publique a fait évoluer ses recommandations et Santé publique France a modifié la définition des contacts à risque :

  • L’augmentation de la distance de sécurité entre 2 individus, qui passe de 1 mètre à 2 mètres (en l’absence de port du masque) ;
  • Les masques grand public de catégorie 2 et les masques artisanaux ne sont plus recommandés pour se protéger de la contamination au SARS-CoV2 (le masque porté en population générale doit répondre à une norme de filtration élevée c’est-à-dire soit en tissu de catégorie 1 (AFNOR), soit de type chirurgical).

Les mesures de contact tracing qui en découlent doivent être renforcées dès le niveau 1 :

  • La notion de « contact à risque » doit être interprétée de manière large : en cas de doute dans l’évaluation du niveau de risque d’un contact, celui-ci doit être considéré comme « à risque » ;
  • La mention par le cas de l’absence de contact à risque doit faire l’objet d’une investigation renforcée ;
  • Le cas doit être invité à contacter ses contacts à risque pour les informer ;
  • La chaîne de contamination doit être investiguée de manière plus extensive : les personnes contact à risque devront alerter leurs propres personnes contact afin de pouvoir mobiliser et sensibiliser deux niveaux de transmission potentielle à la nécessité de prendre des mesures de précaution.

Un résultat positif issu des kits RT-PCR spécifiques permet de suspecter un variant et déclencheront de manière prioritaire des actions de contact-tracing renforcées autour du cas par l’ARS et l’Assurance Maladie. Il ne nécessite pas systématiquement une confirmation par séquençage.

Contrôle et prévention de la diffusion des nouveaux variants du virus

(21/02/2021 – Source : HCSP)

Actualisation contrôle et prévention de la diffusion des nouveaux variants du virus en milieu de soin

Au 03/02/2021, le HCSP complète les recommandations (Téléchargez le document) figurant dans son avis des 18 et 20 janvier 2021 et préconise qu’il n’y ait aucune dérogation à l’éviction des professionnels des structures de soins infectés par le SARS-CoV-2, qu’ils soient ou non symptomatiques. Cela doit également s’appliquer aux professionnels du secteur de la ville et aux aides à domicile.
Par ailleurs, le HCSP rappelle que le respect strict des mesures barrières et des précautions standard demeure essentiel en milieu de soins quel que soit le statut des personnes prises en charge vis-à-vis du SARS-CoV-2 (et, en cas d’infection qu’il s’agisse ou non d’un variant préoccupant) mais aussi lors des interactions avec d’autres professionnels de santé en dehors des zones de soins (salles de pauses).
Le HCSP recommande également :

  • d’anticiper l’organisation des services afin de prévenir les risques de rupture de prise en charge des patients ;
  • de recueillir des indicateurs (nombre de patients infectés, existence de clusters, nombre de soignants contaminés, indicateurs de tension hospitalière et leur évolution dans le temps) au niveau de chaque établissement et que ces indicateurs soient portés activement à la connaissance des professionnels ;
  • le soutien aux personnels par les équipes opérationnelles d’hygiène et les services de santé au travail ;
  • que les professionnels ayant été infectés par le SARS-CoV-2 observent des mesures de précaution (notamment ne pas partager de pause non masquée avec ses collègues, en particulier au moment des repas), lors de leur reprise de travail et ce, pendant 7 jours ;
  • la vaccination rapide des professionnels exerçant en milieu de soins, des résidents et des aidants.

(28/01/2021 – Source : HCSP)

Contrôle de la diffusion des nouveaux variants du virus – évolution masques et distanciation sociale

Dans un contexte d’émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2 : variant britannique (VOC 202012/01), sud-africain (501Y.V2) et brésilien (B.1.1.28), le HCSP précise ses recommandations relatives aux mesures de prévention et de contrôle de la diffusion de ces nouveaux variants dans un avis du 14/01.

Le HCSP recommande :

  1. Mesures générales visant à la réduction maximale de la circulation virale sur le territoire :
    • Renforcement et respect strict des mesures de distanciation physique, des gestes barrières et du port du masque
    • mesures de distanciation sociale individuelle (distance physique, hygiène des mains, port de masque et respect des gestes barrières),
    • des mesures collectives (nettoyage des locaux et de l’environnement de travail, aération et ventilation des locaux et la gestion des flux/densité des personnes).
    • renforcement majeur du contact tracing (tester, tracer isoler)
    • mise en place de mesures visant à limiter fortement les déplacements et les contacts interpersonnels :
      • dont la nature qui reste à définir en fonction des données épidémiologiques surveillées de façon rapprochée mais aussi de ses conséquences sociétales, économiques, psychologiques, relève donc d’une décision politique (réduction des déplacements inter-régionaux, généralisation du couvre-feu, voire confinement en région ou généralisé),
    • dont l’instauration doit prendre en compte et anticiper la cinétique exponentielle de la circulation du virus comme celle observée au Royaume-Uni.
  2. Mesures de surveillance rapprochée et spécifique de la diffusion des variants émergents sur le territoire :
    • Organisation par le CNR des virus des infections respiratoires, d’un réseau capable d’identifier les variants émergents
    • Recherche systématique des variants émergents à l’occasion de campagnes de dépistage itératives du SARS-CoV-2 sur le territoire.
  3. Mesures visant à réduire l’introduction et la diffusion des variants émergents en provenance de l’étranger sur le territoire national : 
    • Limiter au maximum les déplacements vers les zones de circulation des variants d’intérêt et au retour de ces zones.
    • Exiger pour l’entrée sur le territoire national de personnes en provenance de tout pays étranger (y vivant ou y ayant séjourné) une RT-PCR négative réalisée dans les 72 heures précédentes et un isolement strict de 7 jours après la date de ce test. Contrôle de la RT-PCR à l’issue de la période d’isolement pour autoriser la levée de cet isolement en cas de résultat négatif.
    • Exiger un test de RT-PCR négatif réalisée dans les 72 heures dans le pays de départ avant l’embarquement pour tout voyage à destination de la France. Isolement d’une durée de 7 jours à l’arrivée sur le territoire français. Contrôle de la RT-PCR à l’issue de la période d’isolement pour autoriser la levée de cet isolement en cas de résultat négatif.
    • En cas de RT-PCR réalisée dans les 72 heures avant le départ, et positive, interdiction d’embarquement sauf pour les personnes ayant un antécédent documenté par RT- PCR, d’infection à SARS-CoV-2 dans les quinze jours à deux mois précédant l’entrée sur le territoire français.
    • Ne pas exiger de RT-PCR chez une personne ayant un antécédent documenté par RT- PCR, d’infection à SARS-CoV-2 dans les quinze jours à deux mois précédant l’entrée sur le territoire français.
    • Renforcer de manière stricte les contrôles sanitaires aux frontières en concertation avec les autres pays européens.
    • A ce stade, le HCSP considère qu’il ne dispose pas d’éléments susceptibles de remettre en question les recommandations actuelles en matière de prise en charge des cas confirmés, y compris la durée d’isolement.
  4. Intensification majeure de la campagne de vaccination contre le SARS-CoV-2 

Par ailleurs, le HCSP a complété cet avis par un avis complémentaire en date des 18 et 20/1/2021 et au 03/02/2021, complète de nouveau ces recommandations (figurant dans cet avis des 18 et 20 janvier 2021)

Saisine 1 : « Une dérogation à la quarantaine et à l’isolement des professionnels de santé cas confirmé et contact à risque est possible, en cas de tensions sur l’offre de soins, dans le cadre de l’avis HCSP du 23 mai 2020. Celle-ci est de plus valable pour les agents d’opérateurs d’importance vitale (OIV). Au regard de la transmissibilité accrue des variantes, cette dérogation peut-elle être maintenue pour ces deux catégories de professionnels atteints par l’un des variants ? »

Au 03/02/2021, le HCSP complète les recommandations (Téléchargez le document) figurant dans son avis des 18 et 20 janvier 2021 et préconise qu’il n’y ait aucune dérogation à l’éviction des professionnels des structures de soins infectés par le SARS-CoV-2, qu’ils soient ou non symptomatiques. Cela doit également s’appliquer aux professionnels du secteur de la ville et aux aides à domicile.

Saisine 2 : « «S’agissant des équipements de protection individuelle, notamment dans les établissements de santé et les établissements sociaux et médico-sociaux, la doctrine en vigueur doit-elle évoluer dans le cadre de la circulation des variants, en ce qui concerne la prise en charge des patients ou le port des EPI par les professionnels de santé, par exemple ?» 
Les recommandations déjà connues des professionnels de santé doivent être particulièrement et correctement respectées pour contrôler la diffusion des nouveaux variants d’intérêt actuels dont la transmissibilité est plus importante mais dont les modes de transmission sont inchangés. Les nouveaux variants vont être rapidement prédominants sur le territoire national. Toutes les mesures de prévention actuellement disponibles restent efficaces pour contrôler leur diffusion. Il convient d’être particulièrement vigilant dans l’application de celles-ci pour éviter les transmissions nosocomiales, notamment dans l’attente d’une couverture vaccinale suffisante.
En milieux de soins, le respect des mesures barrières lors des pauses est indispensable pour éviter les transmissions entre professionnels de santé. 
Le HCSP fait également un rappel sur les masques en milieux de soins :

  • Quel que soit le type de masque (à usage médical ou FFP2), il est indispensable que celui-ci soit porté sur le visage couvrant le nez, la bouche et le menton. Cette façon de le porter garantit son efficacité. Toute autre façon de le porter est inacceptable. Il ne doit pas bailler sur les côtés. Il doit être adapté à la morphologie du visage. Pour ce faire, les industriels doivent fournir aux professionnels de santé différentes tailles de masque tant pour les masques à usage médical que pour les masques FFP2.
  • Comme précisé dans l’avis et addendum du HCSP du 10 septembre 2020 relatifs aux masques en milieu de soins, la généralisation du port de masque de type FFP2 pour les professionnels de santé en ES, ESMS et cabinet libéral n’est pas recommandée. La stratégie de contrôle de la transmission croisée ne peut reposer sur le seul port de masque, elle doit s’inscrire dans l’ensemble des mesures de prévention appliquées simultanément.

Saisine 3 : « « En matière d’organisation des soins, convient-il de séparer les patients atteints d’un variant des autres patients atteints par la Covid-19 ? » 
Pour éclaircir la compréhension et l’interprétation de cette recommandation, le HCSP ne recommande aucune mesure d’isolement particulière s’appliquant aux patients hospitalisés pour une infection à un nouveau variant d’intérêt du SARS-CoV-2. Les patients hospitalisés pour infection à SARS-CoV-2, quel que soit le variant, seront pris en charge selon les mêmes procédures.

Saisine 4 : « Les mesures barrières en population générale doivent-elles faire l’objet d’un renforcement(distanciation physique, port du masque grand public, définition d’une personne-contact, etc.) ? » 
Les recommandations, déjà connues des citoyens, doivent être particulièrement et correctement respectées pour contrôler la diffusion des nouveaux variants. Toutes les mesures de prévention actuellement disponibles restent efficaces pour contrôler leur diffusion. Il convient d’être particulièrement vigilant dans l’application de celles-ci pour éviter davantage la diffusion dans la population générale, notamment dans l’attente d’une couverture vaccinale suffisante.
Toutefois devant le risque de contagion plus important des variants récemment identifiés, le HCSP considère que les mesures barrières en population générale doivent être adaptées.
Le HCSP recommande de renforcer les mesures de prévention, dites mesures-barrières, en raison de la plus grande transmissibilité des variants d’intérêt actuels, sans que les modes de transmission n’aient pour l’instant changé :

  • en augmentant la distance interindividuelle, qui était d’au moins 1 mètre jusqu’à présent, à 2 mètres, et en gardant les mêmes conditions d’application de cette règle, 
  • en préconisant le port conforme de masques de grande performance de filtration comme les masques grand public en tissu réutilisables de catégorie 1 respectant les préconisations de l’Afnor et les masques à usage médical à usage unique respectant la norme EN 14683 (masques dits chirurgicaux). 

Ces deux mesures de renforcement entraineront la modification de la définition des contacts utilisée pour le contact tracing et renforceront de facto les mesures barrières et le contact tracing tels qu’ils sont appliqués à ce jour.

Définitions de cas d’infection par les variants VOC 202012/01 UK et Afrique du Sud 501.V2 : cas possible, probable, confirmé

Par MINSANTE du 8/1/2021, Santé Publique France pose ainsi les définitions de cas suivantes d’infection par les variants VOC 202012/01 UK et Afrique du Sud 501.V2 :

(14/01/2021 – Source : ARS)

Depuis le 23/12/2020 (par DGS Urgent, Minsanté et MARS), il est demandé aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 :

  • de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour au Royaume-Uni dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné. En cas de réponse positive, cette mention fera l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (champ « pays de provenance »).
  • d’orienter toute personne ayant séjourné au Royaume-Uni dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d’un dépistage du SARS-CoV-2, vers la réalisation d’un test RT-PCR.

Un génotypage de tout prélèvement positif pour le SARS-CoV-2 est réalisé pour les deux cas de figure suivants :

  • Une personne ayant séjourné au Royaume-Uni dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour ;
  • Une discordance de la cible « S » avec les autres cibles.

En cas d’impossibilité de réaliser le génotypage au sein du laboratoire ou centre de dépistage du SARS-CoV-2, un envoi de ces prélèvements au CNR doit être réalisé dans les meilleurs délais portant la mention d’un lien possible avec un séjour au Royaume Uni ou de la discordance de la cible « S ».

Définition de cas possible

Toute personne avec une RT-PCR ou un test antigénique positif (= cas confirmé de SARS-CoV2) et un voyage au Royaume Uni ou en Afrique du Sud dans les 14 jours précédant l’apparition des symptômes ou la date du diagnostic (si asymptomatique).

Cas probable nouveau variant

  • Cas probable microbiologique : Toute personne, dont les cas possibles, dont le résultat de RT-PCR (kit ThermoFisher avec 3 cibles : N, ORF1ab, S) est positif (Ct pour le gène N <28) mais atteste d’un défaut de détection pour le gène S. Attention cette définition de cas probable liée à un résultat de RT-PCR discordant ne concerne que le variant VOC 202012/01 UK. 
  • Cas probable épidémiologique : Tout cas de COVID-19 confirmé par RT-PCR ou test antigénique, ayant été à l’origine ou contaminé par un cas de confirmé de COVID-19 dû au variant VOC 202012/01 UK ou Afrique du Sud 501.V2.

Cas confirmé nouveau variant

Confirmation par séquençage réalisé par le CNR (Laboratoire de l’Institut Pasteur ou Laboratoire de Lyon) ou tout autre laboratoire apte à le réaliser.

Tout cas possible/probable fait l’objet par le laboratoire d’une information immédiate du CNR avec envoi de matériel biologique pour confirmation par séquençage dans les meilleurs délais, et de l’ARS afin que les mesures destinées à éviter la diffusion du virus soient mises en place.
Si le cas possible/probable a été diagnostiqué par test antigénique, il est recommandé de réaliser une RT-PCR dans un laboratoire afin que le matériel biologique puisse ensuite être transmis pour séquençage.
Pour votre information, le cas probable est informé de son statut par l’ARS/CNR. Lors de l’appel, une investigation est réalisée afin de déterminer l’origine la plus probable de sa contamination, et rechercher des évènements propices à une transmission secondaire importante (participation à des rassemblements ou activités collectives) depuis le début de sa période de contagiosité (soit depuis 2 jours avant la date de début des signes chez les cas symptomatiques, et 7 jours avant le test chez les cas asymptomatiques). Un appel peut également être prévu dans la semaine suivant le diagnostic du cas probable pour s’assurer du suivi des mesures d’isolement.

Par ailleurs, en région, un réexamen des cas positifs visant à rechercher l’absence de gène S est engagé avec l’appui des principaux laboratoires intervenant sur la MEL, le Calaisis, le Littoral Sud-80 et ceux des principaux hôpitaux disposant d’un laboratoire.
Ce virus est activement recherché dans la région à Dunkerque et Roubaix (dont la campagne de dépistage massif vient de débuter) en collaboration avec Amiens et Lille.  A ce jour, 2 cas sont confirmés à Lille et les autres en cours de séquençage.
Au 11/01/2021 :

  • 3 cas sont confirmés en lien avec la Grande Bretagne,
  • 10 cas probables,
  • pas de suspicion de variant Afrique du Sud actuellement dans la région.
Signalement nouveaux variants UK et Afrique du sud

(17/01/2021 – Source : ARS)

En région, un réexamen des cas positifs visant à rechercher l’absence de gène S est engagé avec l’appui des principaux laboratoires intervenant sur la MEL, le Calaisis, le Littoral Sud-80 et ceux des principaux hôpitaux disposant d’un laboratoire.
Au 14/01/2021, 5 cas sont confirmés pour les Hauts-de-France.

Signalement nouveaux variants UK et Afrique du sud

(14/01/2021 – Source : ARS)

Depuis le 23/12/2020 (par DGS Urgent, Minsanté et MARS), il est demandé aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 :

  • de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour au Royaume-Uni dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné. En cas de réponse positive, cette mention fera l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (champ « pays de provenance »).
  • d’orienter toute personne ayant séjourné au Royaume-Uni dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d’un dépistage du SARS-CoV-2, vers la réalisation d’un test RT-PCR.

Un génotypage de tout prélèvement positif pour le SARS-CoV-2 est réalisé pour les deux cas de figure suivants :

  • Une personne ayant séjourné au Royaume-Uni dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour ;
  • Une discordance de la cible « S » avec les autres cibles.

En cas d’impossibilité de réaliser le génotypage au sein du laboratoire ou centre de dépistage du SARS-CoV-2, un envoi de ces prélèvements au CNR doit être réalisé dans les meilleurs délais portant la mention d’un lien possible avec un séjour au Royaume Uni ou de la discordance de la cible « S ».

Détection et émergence du nouveau variant VUI202012/01 en Angleterre

Détection et émergence du nouveau variant VUI202012/01 en Angleterre

(23 décembre – Source : CHRU Lille)

Pour répondre à vos interrogations, le Dr Emmanuel Faure, infectiologue dans le Service de Maladies Infectieuses du CHU de Lille, a accepté de faire un état des connaissances au 22/12/2020 sur le nouveau variant VUI202012/01 en Angleterre :

Le variant VUI202012/01 a émergé en septembre dernier en Angleterre et a fait l’objet d’une surveillance accrue due à la présence de mutations présente sur la protéine « spike » et principalement sur le domaine RBD (recepteur binding domain). Ce domaine RBD permet l’entrée du virus dans la cellule humaine grâce à la liaison au récepteur à l’ACE2. Bien que la survenue de mutations soit normale et fasse partie de l’évolution naturelle du virus, les mutations de la protéine « spike » et tout particulièrement du domaine RBD sont surveillées. En effet, celles-ci peuvent entraîner un risque théorique de modification du taux de réplication du virus ou de son affinité pour entrer dans les cellules humaines.

Il a été isolé plus fréquemment à partir du mois de novembre 2020 dans le sud de l’Angleterre et a été associé à un nombre de cas plus important sans pour autant retrouver de lien de causalité.

Le VUI202012/01 possède des mutations déjà retrouvées chez d’autres variants mais c’est la première fois que ces mutations sont associées au sein d’un même variant.

Des investigations complémentaires sont nécessaires pour évaluer l’impact de ces mutations sur le taux de réplication virale et l’infectivité du virus.

A l’heure actuelle, les autorités européennes ont recommandé une vigilance accrue de la circulation virale dans les pays européen.

Bien que ce variant ne soit pas encore été isolé en Italie, il a déjà été mis en évidence dans des pays proches (Italie, Italie, Pays Bas, Danemark) et pour l’heure aucune augmentation de la mortalité ne lui été associée. Enfin, l’émergence de ce variant ne retardera pas l’initiation de la campagne de vaccination. 

Pour en savoir plus :
European Centre for Disease Prevention and Control. Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom – 20 December 2020. ECDC: Stockholm; 2020.

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