(11/02/2021 – Source : ARS)
Mise en œuvre d’un tracing renforcé sur les cas possibles de variants, et adaptation du Système d’Information pour la traçabilité des variants.
Pour rappel, compte-tenu d’une transmissibilité accrue des variants le Haut Conseil de la Santé Publique a fait évoluer ses recommandations et Santé publique France a modifié la définition des contacts à risque. Les mesures de contact tracing qui en découlent doivent être renforcées dès le niveau 1, c’est-à-dire dès la consultation en médecine générale :
(08/02/2021 – Source : DGS)
Par un message du 07/02/2021, la Direction Générale de la Santé a communiqué sur la stratégie de freinage de la propagation des variantes du SARS-COV-2 et le renforcement spécifique prévu sur les variantes d’intérêt 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne ») dont la circulation est aujourd’hui minoritaire mais qui présentent un risque d’échappement immunitaire et vaccinal.
Vous pourrez retrouver l’ensemble des éléments de cette stratégie renforcée de lutte contre les variantes d’intérêt du SARS-CoV2 utiles à votre pratique dans une fiche disponible au lien suivant :
https://solidaritessante.gouv.fr/IMG/pdf/fiche-lbm_vdef1.pdf
Les opérations de tracing et d’isolement continuent d’être déclenchées dès la réception du résultat du test, PCR ou TAG, de première intention sans attendre les résultats de la RT-PCR de criblage. Les dispositions de renforcement lors d’une contamination par variante décrites infra sont déclenchées lors de la réception du résultat de la RT-PCR de criblage, sans attendre une confirmation par un éventuel séquençage. La priorité demeure l’isolement sans délai des cas et le déclenchement rapide de leurs contacts.
Il convient de sensibiliser le patient porteur d’une variante d’intérêt au risque de contagiosité accrue et à l’importance d’un respect particulièrement strict de l’isolement et des gestes barrières.
Pour rappel, dans le cadre du tracing de niveau 2 et des investigations de niveau 3 autour de ces cas, il sera également demandé à l’ensemble des contacts à risque identifiés autour des porteurs de variantes d’intérêt de prévenir eux-mêmes (contact-warning) les personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur dernière exposition à risque avec le cas index (contacts de seconde génération).
Pour celles-ci les recommandations suivantes seront proposées :
Les personnes contact reçoivent un SMS ou un mail les orientant sur le site de l’Assurance maladie qui leur est dédié (https://declare.ameli.fr/sms/) et qui intègre des consignes spécifiques.
Les contacts à risque des personnes porteuses d’une variante 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne ») doivent bénéficier d’un test PCR, à J0 (dès son identification), afin de démarrer sans délai les opérations de contact-tracing s’il est positif.
En cas de résultat positif, le criblage par une RT-PCR de seconde intention est réalisé.
Une attention particulière devra être apportée, en cas de test négatif, à l’importance de bien respecter la période de quarantaine de 7 jours depuis le dernier contact à risque et sur la nécessité de réaliser un test RT-PCR à J7, à l’issue de cette période.
La mise en œuvre d’un isolement précoce et bien respecté pour les personnes porteuses d’une variante d’intérêt est une priorité.
Pour rappel, les personnes (cas confirmé et personnes contact à risque) suspectées d’avoir fait l’objet d’une contamination par une variante et les personnes dont la contamination par une variante a été confirmée font l’objet d’un suivi renforcé (isolement/quarantaine) :
Dans les Hauts-de-France, vous avez aussi l’opportunité de proposer à vos patients porteurs d’un variant ou cas contact l’intervention d’une équipe de professionnels de santé libéraux de soutien à l’isolement : ces accompagnements, non médicaux, consistent en des séances d’accompagnement à domicile ou par téléphone sur un ensemble de thématiques (compréhension des mesures d’isolement, application des gestes barrières, organisation du foyer, gestion du stress face à l’isolement, etc.). Un compte rendu de chaque intervention sera communiqué au médecin traitant.
En pratique, pour adresser vos patients vers le dispositif :
Vous êtes en consultation avec un patient (covid + ou cas contact) pour lequel vous vous rendez compte qu’il ne va pas appliquer, ou partiellement, les mesures d’isolement, vous pouvez mobiliser le soutien d’une équipe mobile covid de ville par :
Pour les variantes d’intérêt 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne), la durée d’isolement est portée à 10 jours.
Du fait de la contagiosité accrue de ces deux variantes, un test de sortie d’isolement doit être systématiquement réalisé pour les personnes qui en sont porteuses.
Après 10 jours pour les contaminations par une variante d’intérêt 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne), et en l’absence de fièvre depuis plus de 48h pour les patients zéro symptomatiques, la levée de l’isolement est désormais conditionnée pour les cas confirmés à l’obtention d’un résultat de test négatif. Si le test revient positif, l’isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat.
Dans les cas de contamination confirmée par une de ces deux variantes, une deuxième visite infirmière sera programmée, notamment pour réaliser le test prévu pour autoriser la sortie de l’isolement.
Pour les variantes d’intérêt 20H/501Y.V2 (dite « sud-africaine ») ou 20J/501Y.V3 (dite « brésilienne), la fermeture de la classe est automatiquement prononcée, suite à une investigation de niveau 3 à la main de l’ARS, et l’ensemble des élèves – ainsi que le ou les professeurs testés et les cas contacts identifiés à J0 et J+7 par RT-PCR, si l’un des cas suivants est confirmé :
(24/01/2021 – Source : DGS)
Par un DGS Urgent du 23/01/2021 sont précisées les modalités de déploiement des kits RT-PCR spécifiques des variantes disponibles dès aujourd’hui et de renforcement du dispositif de contact-tracing.
Des kits RT-PCR spécifiques des variantes sont utilisables à partir du samedi 23 janvier 2021 sur l’ensemble du territoire (la liste est intégrée sur la plateforme du MSS et sera mise à jour régulièrement https://covid-19.sante.gouv.fr/) pour réaliser des tests RT-PCR de criblage de variantes, sur la base d’un premier test RT-PCR positif. Cette deuxième RT-PCR avec kit spécifique de criblage de variantes suit les mêmes règles de facturation que la RT-PCR initiale.
Dès samedi 23 janvier 2021, une seconde RT-PCR de criblage est réalisée à l’ensemble des résultats positifs de RT-PCR. Cette RT-PCR de criblage est réalisée avec l’un des kits détectant une ou plusieurs variantes connues à ce jour et a minima la variante VOC 202012/01.
Cette stratégie de double analyse ne concerne pas les tests antigéniques.Toutefois, les personnes ayant été diagnostiquées positives à la suite d’un test antigénique et qui se situent dans une situation à risque (retour de voyage, clusters et zones d’augmentation forte et inexpliquée de l’incidence (uniquement sur quelques cas pour échantillonnage dans ces deux dernières situations)) doivent être invitées à réaliser un test RT-PCR.
Les laboratoires de biologie médicale doivent conserver les prélèvements ayant donné lieu à une RT-PCR afin de permettre la réalisation d’un second test de criblage aux variantes, et sont tenus d’envoyer sans délai aux plateformes réalisant ce deuxième test les prélèvements ayant donné lieu à un résultat de RT-PCR positif. Il est essentiel de saisir sans délai dans Si-DEP les résultats de cette deuxième RT-PCR selon le mode opératoire qui sera transmis. Des développements de l’outil SI-DEP ont été réalisés pour accueillir les résultats de cette deuxième RT-PCR.
S’agissant des séquençages, les prélèvements doivent être orientés de la manière suivante :
Une attention particulière sera demandée :
Les kit Thermo Fisher pourront continuer d’être utilisées pour le diagnostic de première intention d’infection par le SARS-CoV2.
Dans tous les cas, le résultat du test de première intention doit déclencher les mesures de gestion individuelles sans retard.
Il est impératif de ne pas attendre les résultats du test de criblage aux variantes pour lancer le processus de contact-tracing et d’isolement.
Compte-tenu d’une transmissibilité accrue des variantes le Haut Conseil de la Santé Publique a fait évoluer ses recommandations et Santé publique France a modifié la définition des contacts à risque :
Les mesures de contact tracing qui en découlent doivent être renforcées dès le niveau 1 :
Un résultat positif issu des kits RT-PCR spécifiques permet de suspecter un variant et déclencheront de manière prioritaire des actions de contact-tracing renforcées autour du cas par l’ARS et l’Assurance Maladie. Il ne nécessite pas systématiquement une confirmation par séquençage.
(21/02/2021 – Source : HCSP)
Au 03/02/2021, le HCSP complète les recommandations (Téléchargez le document) figurant dans son avis des 18 et 20 janvier 2021 et préconise qu’il n’y ait aucune dérogation à l’éviction des professionnels des structures de soins infectés par le SARS-CoV-2, qu’ils soient ou non symptomatiques. Cela doit également s’appliquer aux professionnels du secteur de la ville et aux aides à domicile.
Par ailleurs, le HCSP rappelle que le respect strict des mesures barrières et des précautions standard demeure essentiel en milieu de soins quel que soit le statut des personnes prises en charge vis-à-vis du SARS-CoV-2 (et, en cas d’infection qu’il s’agisse ou non d’un variant préoccupant) mais aussi lors des interactions avec d’autres professionnels de santé en dehors des zones de soins (salles de pauses).
Le HCSP recommande également :
(28/01/2021 – Source : HCSP)
Dans un contexte d’émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2 : variant britannique (VOC 202012/01), sud-africain (501Y.V2) et brésilien (B.1.1.28), le HCSP précise ses recommandations relatives aux mesures de prévention et de contrôle de la diffusion de ces nouveaux variants dans un avis du 14/01.
Le HCSP recommande :
Par ailleurs, le HCSP a complété cet avis par un avis complémentaire en date des 18 et 20/1/2021 et au 03/02/2021, complète de nouveau ces recommandations (figurant dans cet avis des 18 et 20 janvier 2021)
Saisine 1 : « Une dérogation à la quarantaine et à l’isolement des professionnels de santé cas confirmé et contact à risque est possible, en cas de tensions sur l’offre de soins, dans le cadre de l’avis HCSP du 23 mai 2020. Celle-ci est de plus valable pour les agents d’opérateurs d’importance vitale (OIV). Au regard de la transmissibilité accrue des variantes, cette dérogation peut-elle être maintenue pour ces deux catégories de professionnels atteints par l’un des variants ? »
Au 03/02/2021, le HCSP complète les recommandations (Téléchargez le document) figurant dans son avis des 18 et 20 janvier 2021 et préconise qu’il n’y ait aucune dérogation à l’éviction des professionnels des structures de soins infectés par le SARS-CoV-2, qu’ils soient ou non symptomatiques. Cela doit également s’appliquer aux professionnels du secteur de la ville et aux aides à domicile.
Saisine 2 : « «S’agissant des équipements de protection individuelle, notamment dans les établissements de santé et les établissements sociaux et médico-sociaux, la doctrine en vigueur doit-elle évoluer dans le cadre de la circulation des variants, en ce qui concerne la prise en charge des patients ou le port des EPI par les professionnels de santé, par exemple ?»
Les recommandations déjà connues des professionnels de santé doivent être particulièrement et correctement respectées pour contrôler la diffusion des nouveaux variants d’intérêt actuels dont la transmissibilité est plus importante mais dont les modes de transmission sont inchangés. Les nouveaux variants vont être rapidement prédominants sur le territoire national. Toutes les mesures de prévention actuellement disponibles restent efficaces pour contrôler leur diffusion. Il convient d’être particulièrement vigilant dans l’application de celles-ci pour éviter les transmissions nosocomiales, notamment dans l’attente d’une couverture vaccinale suffisante.
En milieux de soins, le respect des mesures barrières lors des pauses est indispensable pour éviter les transmissions entre professionnels de santé.
Le HCSP fait également un rappel sur les masques en milieux de soins :
Saisine 3 : « « En matière d’organisation des soins, convient-il de séparer les patients atteints d’un variant des autres patients atteints par la Covid-19 ? »
Pour éclaircir la compréhension et l’interprétation de cette recommandation, le HCSP ne recommande aucune mesure d’isolement particulière s’appliquant aux patients hospitalisés pour une infection à un nouveau variant d’intérêt du SARS-CoV-2. Les patients hospitalisés pour infection à SARS-CoV-2, quel que soit le variant, seront pris en charge selon les mêmes procédures.
Saisine 4 : « Les mesures barrières en population générale doivent-elles faire l’objet d’un renforcement(distanciation physique, port du masque grand public, définition d’une personne-contact, etc.) ? »
Les recommandations, déjà connues des citoyens, doivent être particulièrement et correctement respectées pour contrôler la diffusion des nouveaux variants. Toutes les mesures de prévention actuellement disponibles restent efficaces pour contrôler leur diffusion. Il convient d’être particulièrement vigilant dans l’application de celles-ci pour éviter davantage la diffusion dans la population générale, notamment dans l’attente d’une couverture vaccinale suffisante.
Toutefois devant le risque de contagion plus important des variants récemment identifiés, le HCSP considère que les mesures barrières en population générale doivent être adaptées.
Le HCSP recommande de renforcer les mesures de prévention, dites mesures-barrières, en raison de la plus grande transmissibilité des variants d’intérêt actuels, sans que les modes de transmission n’aient pour l’instant changé :
Ces deux mesures de renforcement entraineront la modification de la définition des contacts utilisée pour le contact tracing et renforceront de facto les mesures barrières et le contact tracing tels qu’ils sont appliqués à ce jour.
(14/01/2021 – Source : ARS)
Depuis le 23/12/2020 (par DGS Urgent, Minsanté et MARS), il est demandé aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 :
Un génotypage de tout prélèvement positif pour le SARS-CoV-2 est réalisé pour les deux cas de figure suivants :
En cas d’impossibilité de réaliser le génotypage au sein du laboratoire ou centre de dépistage du SARS-CoV-2, un envoi de ces prélèvements au CNR doit être réalisé dans les meilleurs délais portant la mention d’un lien possible avec un séjour au Royaume Uni ou de la discordance de la cible « S ».
Toute personne avec une RT-PCR ou un test antigénique positif (= cas confirmé de SARS-CoV2) et un voyage au Royaume Uni ou en Afrique du Sud dans les 14 jours précédant l’apparition des symptômes ou la date du diagnostic (si asymptomatique).
Confirmation par séquençage réalisé par le CNR (Laboratoire de l’Institut Pasteur ou Laboratoire de Lyon) ou tout autre laboratoire apte à le réaliser.
Tout cas possible/probable fait l’objet par le laboratoire d’une information immédiate du CNR avec envoi de matériel biologique pour confirmation par séquençage dans les meilleurs délais, et de l’ARS afin que les mesures destinées à éviter la diffusion du virus soient mises en place.
Si le cas possible/probable a été diagnostiqué par test antigénique, il est recommandé de réaliser une RT-PCR dans un laboratoire afin que le matériel biologique puisse ensuite être transmis pour séquençage.
Pour votre information, le cas probable est informé de son statut par l’ARS/CNR. Lors de l’appel, une investigation est réalisée afin de déterminer l’origine la plus probable de sa contamination, et rechercher des évènements propices à une transmission secondaire importante (participation à des rassemblements ou activités collectives) depuis le début de sa période de contagiosité (soit depuis 2 jours avant la date de début des signes chez les cas symptomatiques, et 7 jours avant le test chez les cas asymptomatiques). Un appel peut également être prévu dans la semaine suivant le diagnostic du cas probable pour s’assurer du suivi des mesures d’isolement.
Par ailleurs, en région, un réexamen des cas positifs visant à rechercher l’absence de gène S est engagé avec l’appui des principaux laboratoires intervenant sur la MEL, le Calaisis, le Littoral Sud-80 et ceux des principaux hôpitaux disposant d’un laboratoire.
Ce virus est activement recherché dans la région à Dunkerque et Roubaix (dont la campagne de dépistage massif vient de débuter) en collaboration avec Amiens et Lille. A ce jour, 2 cas sont confirmés à Lille et les autres en cours de séquençage.
Au 11/01/2021 :
(17/01/2021 – Source : ARS)
En région, un réexamen des cas positifs visant à rechercher l’absence de gène S est engagé avec l’appui des principaux laboratoires intervenant sur la MEL, le Calaisis, le Littoral Sud-80 et ceux des principaux hôpitaux disposant d’un laboratoire.
Au 14/01/2021, 5 cas sont confirmés pour les Hauts-de-France.
(14/01/2021 – Source : ARS)
Depuis le 23/12/2020 (par DGS Urgent, Minsanté et MARS), il est demandé aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 :
Un génotypage de tout prélèvement positif pour le SARS-CoV-2 est réalisé pour les deux cas de figure suivants :
En cas d’impossibilité de réaliser le génotypage au sein du laboratoire ou centre de dépistage du SARS-CoV-2, un envoi de ces prélèvements au CNR doit être réalisé dans les meilleurs délais portant la mention d’un lien possible avec un séjour au Royaume Uni ou de la discordance de la cible « S ».
(23 décembre – Source : CHRU Lille)
Pour répondre à vos interrogations, le Dr Emmanuel Faure, infectiologue dans le Service de Maladies Infectieuses du CHU de Lille, a accepté de faire un état des connaissances au 22/12/2020 sur le nouveau variant VUI202012/01 en Angleterre :
Le variant VUI202012/01 a émergé en septembre dernier en Angleterre et a fait l’objet d’une surveillance accrue due à la présence de mutations présente sur la protéine « spike » et principalement sur le domaine RBD (recepteur binding domain). Ce domaine RBD permet l’entrée du virus dans la cellule humaine grâce à la liaison au récepteur à l’ACE2. Bien que la survenue de mutations soit normale et fasse partie de l’évolution naturelle du virus, les mutations de la protéine « spike » et tout particulièrement du domaine RBD sont surveillées. En effet, celles-ci peuvent entraîner un risque théorique de modification du taux de réplication du virus ou de son affinité pour entrer dans les cellules humaines.
Il a été isolé plus fréquemment à partir du mois de novembre 2020 dans le sud de l’Angleterre et a été associé à un nombre de cas plus important sans pour autant retrouver de lien de causalité.
Le VUI202012/01 possède des mutations déjà retrouvées chez d’autres variants mais c’est la première fois que ces mutations sont associées au sein d’un même variant.
Des investigations complémentaires sont nécessaires pour évaluer l’impact de ces mutations sur le taux de réplication virale et l’infectivité du virus.
A l’heure actuelle, les autorités européennes ont recommandé une vigilance accrue de la circulation virale dans les pays européen.
Bien que ce variant ne soit pas encore été isolé en Italie, il a déjà été mis en évidence dans des pays proches (Italie, Italie, Pays Bas, Danemark) et pour l’heure aucune augmentation de la mortalité ne lui été associée. Enfin, l’émergence de ce variant ne retardera pas l’initiation de la campagne de vaccination.
Pour en savoir plus :
European Centre for Disease Prevention and Control. Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom – 20 December 2020. ECDC: Stockholm; 2020.
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